在国外留学生进行各种爱国与革命活动的同时，国内学界也不断地发生闹学风潮。学潮发生的情形不一，但一般起因主要源于学校内部，如反对校方对学生的压制和不合理待遇，反对学校不合理的规章制度，反对外国势力干预的教会学校进行奴化教育，等等。当学潮的发展越出学校的大门，汇入拒法拒俄运动、收回利权运动、抵制美货运动的潮流时，便自然成为了反帝爱国运动的重要组成部分。
中国教育会的成立是国内学潮兴起的契机。1902年4月27日，中国教育会在上海成立，蔡元培当选为事务长，王慕陶、蒋智由、戢元丞等人为干事，聚集了一批在上海从事文化教育事业的名流，如章太炎、吴稚晖、黄宗仰、陈范、马君武、龙泽厚、蒋维乔、刘师培、张继等人。中国教育会章程标榜“以教育中国男女青年，开发其智识而增进其国家观念，以为他日恢复国权之基础为目的”，名义上致力于教育改良，实际上暗中从事革命宣传与组织活动。“倡议诸子，均属热心民族主义之名宿，故此会不啻隐然为东南各省革命之集团。”当时以上海为中心的各地学界风潮的兴起与发展，得到了中国教育会的积极支持。
1902年11月，上海南洋公学（现上海交通大学的前身）发生退学风潮。起因是教习郭镇瀛不学无术，专以欺压学生为能事，学生为图报复，特意在教室的师座上放置一只洗净的空墨水瓶，郭以为是有意侮辱他，要求校方开除学生伍正钧等人。全校学生200余人集会抗议，没有结果，最终集体退学。南洋公学退学事件得到社会舆论的普遍支持。中国教育会决定成立爱国学社，接纳大部分南洋公学退学的学生。学社由蔡元培任总理，吴稚晖为舍监，并由教育会选派教师。“一时群贤毕至，少长咸集，差不多成为上海新学界的一个重要中心。”爱国学社后来还接纳了一些其他学堂退学的学生，成为培养爱国与革命青年的摇篮。