1790年，热衷音乐的尼克劳斯亲王去世，他的继承人安东二世对音乐并无兴趣，他解散了乐队，却遵照兄长的遗嘱将海顿的年薪增加50%，并允许他离开宫廷。1795年，埃斯特哈吉家族换了另一位继承人尼克劳斯二世，他重新任命海顿担任宫廷乐长，但这差不多是名义上的，海顿照旧可以自由进出，可以安心作曲。此时海顿已是望七老人，却仍有旺盛的创作精力和新颖的音乐观念。在每年某个时段重返埃斯特哈吉宫时，海顿再次回到往日的舒适与宁静，代表他一生音乐创作最高成就的清唱剧《创世记》、《四季》以及《战争弥撒》、《圣哉弥撒》、《定音鼓弥撒》、《特雷莎弥撒》等都在这个时期完成。艾森施塔特之于海顿，无疑要比维也纳和伦敦重要得多。
埃斯特哈吉宫殿
海顿一生的最后几年是在维也纳的郊区度过的。在他76岁生日时，维也纳最重要的艺术家和贵族成员组织了一次纪念活动向他表示敬意，由海顿自己指挥《创世记》的演出。当唱到“就有了光”时，老人极为激动，他手指上空，喊道：“它是从那里来的！”随着演出的进行，他越来越激动不安，演完第一部分时，人们不得不把他送回家去。当他坐在扶手椅里被抬出来的时候，他的崇拜者都簇拥着他，贝多芬蹲下去吻了他的双手和前额。在门口处，海顿转过身来，举起了双手，好像是在祈祷。这是他向公众作的最后诀别。