之后直到灭神大战，光明教已经发展成震旦量域最大的教会，拥有亿万计信众，势力遍布各个角落，也渗透到百族内部。根据古卷的记载，如果没有光明教会，灭神大战或会提早数百年，不过，正因为延迟，结果却更为惨烈。
灭神大战的惨烈，无法用语言来形容。所有百族全部卷入其中，真神强者无一幸免，然而大战的起因，竟也和光明教有关。主要是和那六名十二翅天使有关，他们发动了对另一个教会黑暗联盟的战争。
说起来，双方是为了争夺信仰之力。貌似，光明和黑暗原本就是势不两立，双方为争夺信仰之力一直都在明争暗斗，但矛盾一直没有公开激化。光明教会占据道义制高点，一直指责黑暗联盟和异族有染。
战争的导火索，说起来相当可笑。在一个名叫萨拉星的小星上，有两个分别信仰光明和黑暗的家族，因为争夺一处密银矿而大打出手。这两人家族势均力敌，越打越狠，也将更多的势力卷入其中，最终竟然发展成了两大教会的战争。