日本舰队再次陷入忙乱之中。甲板人员匆匆清理飞行甲板，让第一波飞机降落。又把甲板上的第二波飞机拖回机库，重新换弹。这期间，美机频频来袭。中途岛美军飞机又发动过两轮进攻，虽然被日机击退，却大大干扰了工作进度。忙碌半日，反复数度，甲板人员已是精疲力尽。总算回收完第一波飞机，又千辛万苦给第二波飞机换好攻舰鱼雷。南云情绪稳定下来。下令各舰转向，全速行驶，先避开美机攻击，抓紧时间把第二波飞机拖出机库，送上甲板，准备攻击美国航空母舰。可是，美国舰载机抢先了一步，而命运之神总喜欢光顾决断神速的一方。
9点40分，15架美国舰载机，携带攻舰鱼雷，飞临南云舰队上空，发动了第一轮舰载机攻击。稍后，又有两批美国舰载机来袭，三批一共41架美国鱼雷机，有35架被击落，余皆带伤。美国舰载机的威力不过如此!疲劳已极的日本官兵松懈下来。南云也放心了。他现在相信胜券在握，满怀信心地发出了当天的第七道命令：各舰迎风行驶，发送第二波飞机升空，攻击美国航空母舰。
1942年6月4日上午10点23分，中途岛之战的决定性时刻终于到来。4艘日本巨型航空母舰正以每小时30海里的速度在海面上迎风疾驶。母舰飞行甲板上100余架飞机一齐启动，马达轰鸣声响彻云霄。“赤城号”上，第一架零式战斗机已滑上飞行甲板跑道，正要升空掩护轰炸机升空。分别从“企业号”和“约克城号”起飞的50架美国轰炸机恰巧在这时飞临日本舰队上空，从3000米云端对日舰发动了第4轮舰载机攻击。