在随着满人进入中国而发生的战争中，穆斯林似乎以不小的热情支持明朝。这无疑激怒了满人，而且与后来满人对穆斯林的态度有很大关联。磨擦从满人时期之初就有了，而且带有血腥味。
1648年甘肃回民第一次起事，回民在兰州杀死了巡抚和提督。1650年在甘肃东南部的巩昌府发生了暴动。这些暴动都被严厉地镇压下去，此后直到1781－1785年，没有发生大麻烦。那时乾隆在位，他重拳出击，打压暴动。有证据表明，乾隆认真地考虑过有计划地消灭他所有的穆斯林臣民。乾隆即位不久曾大力安抚穆斯林，据说他甚至曾经戏语要信奉回教。在他治下第二个10年到最后10年发生的暴动惹恼了他，使他对整个穆斯林心怀怨恨，而对甘肃的穆斯林尤甚。如果在那一时期他还年轻，全国的中国穆斯林就有好受的了。西北的穆斯林在80年内相当安定，接着就爆发了1862年至1877年的回民大造反，有时又称为“第一次东干造反”。对这场造反的镇压，使左宗棠成为中国的历史名人。到了1895年和1896年，甘肃又有一次暴动，直到现在为止，甘肃的汉人和中国回民之间还是非常紧张。