是年六月，施琅率领大队舟师齐集铜山，大会各镇协营守备千把等随征诸官，部署出征澎湖。当月十四日早上，施琅统率舟师从铜山开驾东征，次日下午，到达澎湖的猫屿、花屿。时有守汛的郑军哨船数十多只，急忙返回娘妈宫，飞报刘国轩。时已天晓，施琅即令船队湾泊八罩、水按澳。
刘国轩闻报，忙差部下持令箭与右先锋镇陈谅，着其严督陆路诸将谨守，并遍传狮屿头、风柜尾、鸡笼山、四角山、内堑、外堑、东莳等各镇将，速移火炮火烦罗列海岸，横截攻打，勿使清水师湾泊寄腱。与此同时，他传集水师总提调右武卫林烦率各镇营速驾大烦船、鸟船、赶缯船环泊娘妈宫前口子与内外堑东西莳各要口守候。当时郑将邱辉向刘国轩建议，待晚上潮落，请速遣船队袭击，清水师必定自然溃散。刘国轩带着轻蔑的口气笑着说：“施琅徒有虚名耳!今当此日日飓报之期，敢统舟师越海征战，如夜风起，彼无焦类矣!此乃以逸待劳，不战而可收功也，诸公勿虑。"
当月十六日，施琅率舟师进攻澎湖。刘国轩坐快哨如飞，于娘妈宫前澳内督率诸镇领着烦船、战船、赶缯船排列迎战。清水师署右营游击蓝理、曾成，副锋右营千总邓高等，击沉敌船七八只。时值南潮正发，前锋数船被激流冲击，逼近郑方炮城，郑水师乘机结成大队合围攻打。施琅被流炮余炎烧着面部，右眼受伤跌倒，强起指挥。蓝理在酣战中被流炮击中，腹部受伤严重但仍继续战斗。裨将等忙舍战急救，时清兴化镇总兵吴英继后夹攻，施琅冒死指挥，郑军水师总督林陛连中三箭，左腿被大炮打折，郑杨威将军援剿左镇沈诚、统辖前锋镇姚朝玉、戎旗镇陈时等均被焚杀。郑将江胜、邱辉等复督烦船合攻，清水师撤退，江胜、邱辉等挥船尾追，刘国轩恐二将会遭清水师暗算，急忙鸣金收兵。邱辉等回师，立即向刘国轩提出自愿领兵夜袭，刘国轩说：“彼舟师所寄泊按屿都是没有遮拦的海澳，又系石浅礁线，早晚风起，定不战而自溃。俗语说六月三十日有三十六暴，今日乃十六，十七、十八、十九，就是观音暴、洗蒸笼暴，那里会没有暴风呢?我们暂且养精蓄锐，拒险守险，以观其败。”