1762年，法国议会正式裁决，认定卢梭的《爱弥儿》为异教邪说，尤其是书中所主张的依照自然来教育儿童，只有自然才能使儿童成为有道德的人等观点。此外，卢梭还认为一切宗教都是平等的，没有宗教信仰的人一样能得救，人们应该由自己的理性引导去接受宗教信仰。这些观点，对18世纪的欧洲来说，无疑是对统治阶级的一种挑战，他的平等自由思想，也无疑是煽动革命的种子。所以最高法院判决将《爱弥儿》烧毁，并立即签发逮捕令，要将卢梭打入监牢。
卢梭于第二天下午4点动身，法院去抓他的人还没到，他告别了朋友，上了马车开始了东躲西藏的流亡生活。
1763年，卢梭和戴莱丝在讷沙泰尔的莫蒂埃暂时定居下来，并在那里度过了短暂的平静生活。在宁静的生活中，他暂时放弃了写作的念头，只是着手把自己已经写好的《音乐辞典》进行修改和誊清。为了打发时间，卢梭甚至学习编织带子，这样就可以在一些女邻居家里消磨时间而不感到腻味。带子编好之后，他还把它作为礼物送给那些准备结婚的女朋友，条件是她们将来得亲自抚育自己的孩子，这是卢梭在《爱弥儿》里提出的主张。但是，逃亡中的卢梭仍在不断受到攻击和迫害，为了为自己的过去、现在和将来进行辩解或反驳，卢梭一有机会和可能就拿起笔来，结果往往招致更大的迫害。为了反驳巴黎大主教毕蒙对他的诬蔑，卢梭的《致毕蒙主教书》于1763年出版。但该书的出版让卢梭受到了更激烈的批评，日内瓦人的攻击尤为猛烈。随后，日内瓦当局还正式废除了卢梭的永久公民权。面对来自各方面的攻击和责难，卢梭打算集中精力写一部自己的回忆录，这就是他的《忏悔录》。