元朝前期科举长期停废的原因是多方面的。首先，蒙元贵族集团世居漠北，他们的生活习惯和文化风俗都同汉族迥然有别，且以征战的胜利者入主中原，原来的习惯势力根深蒂固，狭隘的民族主义感情实非短期内所能消弭。例如太宗当政时，“皇子阔端镇西凉，儒者皆奴役”[42]。世祖在潜邸时，“淮、蜀士遭俘虏者，皆具为奴”[43]，特别是蒙元贵族亲王们一切以蒙族“旧俗”或“故事”为依据，对于中原传统的封建文化制度都看不惯。又如“会西北藩王遣使入朝，谓‘本朝旧俗与汉法异，今留汉地，建都邑城郭，仪文制度，遵用汉法，其故如何？’”[44]他们对于“汉法”在思想上是怀疑抵触的。所以在蒙元贵族集团中思想较为顽固的人，感到对汉族儒生那样优待（考试经义、辞赋和论三科后便可免赋役与做官）是不应该的。其次，忽必烈立国之前，蒙古对中原的统治已长达半世纪之久。在这个时期中，无论是蒙古军政长官或汉人世侯，都通过“承制宣署”及自行辟署两条途径除授了大量的军政官员。忽必烈更定官制时，“先帝朝廷旧人，圣上潜邸至龙飞以来凡沾一命之人，随路州府乡曾历任司县无大过之人，暨亡金曾入仕及到殿举人”，都成了既定官员的人选。[45]因此，元朝开国之初，另辟取士途径的客观需要不像其他新王朝那么紧迫。再次，中统、至元之际，国家多事，“渡鄂渚，平内乱，讨贼璮，取江南，破襄汉，驾洋海，下台城，定高丽，问罪交州，扫清辽甸”[46]，大量的军费开支使元政府面临严重的财政问题。忽必烈使用阿合马、桑哥等人以“理财助国”，遭受到朝中许多儒臣的反对。这就进一步加深了蒙古统治者与儒臣的隔阂，因此对于遴选儒士的科举制度十分冷淡。再者，在忽必烈疏远儒臣、科举制度沮泥不行的同时，由吏之仕逐渐制度化。由吏出身的官员往往精于簿书期会，比较符合理财之臣用以督责百姓、聚敛财物的需要。这种用吏制度在形成的过程中，以越来越大的力量排挤了实行科举的可能性。最后，科举在长期推行过程中，其自身流弊日甚。元灭南宋后，一部分儒士甚至痛呼“以学术误天下者，皆科举程文之士。儒亦无辞以自解矣！”[47]元初接近忽必烈的一部分理学家，由于忌恶宋金科场遗风，所以着重强调举办学校，作新人才，对立即恢复科举也不感兴趣。社会对以章句注疏、声律对偶之学取士的严厉批评，也加深了蒙古统治者对科举制本身的不信任。